唇顎裂是因為胚胎在發育前12周受到影響，使得正常胚胎的發育及胚胎組織之間的融合受到阻礙導致。常見原因包括遺傳因素和環境因素，可能是單獨某個原因引起，也可能是多個原因綜合作用的結果。

一、遺傳因素：

現在已經證實，家族中有唇顎裂病史的胎兒發生唇顎裂的幾率比較高，唇顎裂可單獨發病，也可能合併其他軀體部位的畸形。

二、環境因素：

1、維生素缺乏：孕婦頻繁嘔吐或者偏食導致維生素缺乏，無法供應胎兒所需營養，胎兒發育不良，可能會引發唇顎裂；

2、精神刺激：孕婦在妊娠期間精神不穩定，經常出現憂慮、焦急、暴躁、恐懼等不良情緒時，可能會使腎上腺皮質激素分泌增多，阻礙胚胎正常融合，造成胎兒唇顎裂；

3、病毒感染或藥物：懷孕初期，特別是胎兒面部形成時期，孕婦被病毒感染患有呼吸道感染、風疹等，或服用某些化學藥物如激素，也可能影響胎兒面部畸形，出現唇顎裂；

4、不良生活習慣：孕前曾嗜好菸酒或懷孕期間經常吸菸、飲酒者，體內尼古丁、乙醇等有害物質容易造成胎兒畸形，使胎兒唇顎裂的發生幾率增大。