扁平疣去除的方法有很多種，常用的包括外用藥物治療，適用於疣體比較多的情況，外用藥物包括維A痠軟膏、咪喹莫特、干擾素凝膠、肽丁胺霜等。最常用的其實還是物理治療，物理治療也包括很多種方法，包括冷凍、微波、激光等等。物理治療有創傷，一般適用於疣體數量比較少的患者。

另外，也可以配合內用藥物，內用的藥物目前也沒有特效藥物，因為扁平疣是由於病毒感染所引起，目前針對這種病毒沒有特效的藥物，臨床上可以試用干擾素一類的藥物。總之，清除的方法很多種，如果數目比較少，可以選用物理治療；

如果數目多，可以選用外用藥物治療。還有一種方法叫光動力治療，目前在臨床上也取得了很好的療效。