扁平疣一般不會發生癌變，扁平疣是一種常見的病毒性皮膚病，引起扁平疣的原因主要是人乳頭瘤病毒，其中以3型乳頭瘤病毒為主。人乳頭瘤病毒又稱為HPV病毒，有多種亞型，可以引起人類多種疾病，包括扁平疣、尋常疣、尖銳疣、蹠疣等，分為低危型和高危型兩類，其中16型、18型等屬於高危型的HPV病毒，感染後有可能誘發宮頸癌或者外陰癌，所以這類高危型的HPV病毒感染與癌症有關。

但引起扁平疣的3型為主的HPV病毒不導致癌變，不屬於高危型，所以人體感染扁平疣後，一般只是局部出現扁平的增生性小丘疹，數量可多、可少，有一定傳染性，不會發生癌變。扁平疣主要好發於面部還有手背等處，一般採取物理療法，比如激光冷凍或者抗病毒藥物，通常可以將其去除。有時即使不治療，經過一段時間後，人體免疫功能也可以將局部扁平疣病毒清除，扁平疣可以自然痊癒，所以總的來講扁平疣是一種良性病變，不會導致癌變，無需過於擔心。