扁平疣屬於病毒感染，特點是有同形反應，同形反應即順著摳和抓的印跡會起新疹子，所以扁平疣的治療比較困難，容易復發。目前可以選擇迪維霜外用，有剝脫、去角化的作用，該藥可去掉增生性皮膚病損，所以可以外用。

如果外用藥效果不好，還可以冷凍去掉或激光打掉。但扁平疣有同形反應，有時候會再長。以前有傳統方法是注射維生素B12，但有的病人會形成非特異性刺激反應；也可以注射聚肌胞，現在可能用的比較少。當然，患者還可以用活血化瘀、軟堅散結的中藥，在中醫師的指導下吃中藥的效果較好。