中醫治療扁平疣以活血、疏肝、清熱為主，代表方治疣湯、馬齒莧合劑、治瘊湯為主，外用藥可以用維A痠軟膏以糾正HPV感染的角質形成細胞異常角化，促進機體建立特異性細胞免疫反應，清除病毒，也可用干擾素氟尿嘧啶軟膏、0.7%的斑蝥素治療，也可採用冷凍、電灼、激光等物理治療，現在臨床上主要以干擾素軟膏和維A痠軟膏交替使用，因為干擾素有提高免疫功能的作用，維A痠軟膏有剝脫的作用，二者合用效果甚佳，還有中醫中藥如斑蝥毒素，可以去醫院讓大夫敷塗以防感染。