扁平疣的治療方法比較多，中西醫的治療有不同的方法：
1、西醫增加身體的免疫力，如口服些增添免疫的製劑，如匹多莫德，或者打些調節免疫的針劑，如重組人白介-素2、干擾素，γ-干擾素、α-干擾素等等，這是些常規的方法；
2、還可以做些冷凍或者激光治療，也可以達到一定的治療的效果；
3、中醫方法比較多，其通過辨證治療，根據人體的具體的狀況，經過辨證，然後出一套適合人體的處方，達到調理人體，增強氣血，增強抵抗力、免疫力，達到去除病毒的作用；
4、還可以有些外用藥，配些中藥的外用藥，也有殺病毒的作用，如伊可爾等藥物，也有一定的效果；
5、用些有中醫特色的治療，如火針，對扁平疣的治療，效果是比較確切的。