肛門鏡和腸鏡屬於兩種完全不同的檢查方式，肛門鏡相對於腸鏡而言比較粗，材質比較硬。肛門鏡主要用於肛門局部疾病的診斷和治療，無法進一步深入到更遠端的直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸等部位進行觀察。

腸鏡相對更軟，材質更細，主要用於整個結腸的檢查，腸鏡深入到腸道內拐彎的部位時，患者可能會有不適感，醫生向腸內打氣，撐開黏膜時會出現腹脹感覺。兩種檢查的適應症不同，用於診斷和治療的疾病不同，患者的感受也不同，二者不能互相替代。