嚴格來講，沒有腸道菌群失調症這種疾病，人體腸道內有大量微生物，有較多細菌，細菌通過彼此間的相互作用，以及與腸黏膜的相互作用，維持著腸黏膜的完整性和功能平衡。當腸道正常菌群出現問題，即失去正常狀態時，有可能會影響腸道內環境的平衡，影響腸黏膜功能的穩定性，從而出現相應症狀，稱為腸道菌群失調。

腸道菌群失調參與較多疾病的發生，不僅與腹瀉、腸道疾病有關，有學者研究認為，腸道菌群失調與高血壓、脂肪肝、肝硬化也有關，甚至與精神系統疾病也有關。