腸道菌群失調時腸道環境被打破，腸道本身會出現症狀，如大便習慣改變、腹脹，也可能會出現其他系統問題。但腸道菌群失調與疾病之間的關係尚不明確，若確定某種細菌與疾病有關，則可能是感染性疾病，而非腸道菌群失調。

較為明確的腸道菌群失調引起的疾病，是抗生素相關性腹瀉，部分嚴重感染患者在大量應用抗生素以後，不僅殺滅病變部位的致病菌，同時也可能殺滅腸道內正常存在的菌，從而造成腸道菌群紊亂，引起嚴重的頑固性腹瀉。腸道正常菌群環境破壞以後，難辨梭狀芽孢桿菌等機會感染菌會在菌群紊亂的情況下引起腸道疾病。