兒童腦神經發育遲緩分為兩個方面，一方面是非遺傳性因素導致的，多見於出生前、出生時或出生後。出生前由於母體胎兒期宮內窘迫，以及一些風疹病毒等因素導致嬰兒發育遲緩。出生時嬰兒有缺血缺氧性腦病，顱內出血導致顱內血腫，甚至還有腦損傷、產傷等因素造成發育遲緩。出生後若嬰兒患有炎症，如腦炎、腦膜炎等，也會導致神經發育遲緩。
另一方面是遺傳因素，常見的有唐氏綜合徵，即21-三體綜合徵導致的先天愚型，還有因為單基因病變引起的苯丙酮尿症，這些都與遺傳因素息息相關。