小腸鏡是檢查小腸的器具，包括膠囊腸鏡和雙氣囊小腸鏡。膠囊小腸鏡的優點是患者做的舒服，因為只要吞一顆膠囊即可，膠囊隨著胃腸道蠕動會緩慢下移。缺點是拍攝圖像不清晰，發現病灶也無法活檢。

雙氣囊小腸鏡檢查方法類似做胃鏡和腸鏡，優點是可以看清病灶，同時可以活檢。缺點是患者會難受，而且醫生技術不佳時容易造成小腸損傷，尤其是腸黏膜、腸繫帶損傷。