通常腸鏡均是指大腸鏡，大腸鏡從肛門進入。小腸鏡有一部分是從肛門進入，有一部分是從口腔進入。從肛門進入的過程中是逆向走行，正向走行是從胃到小腸到大腸。

檢查過程中要求每個袢均仔細觀察，而且退鏡時間必須＞6-8分鐘，＜6-8分鐘通常認為容易漏診。尤其是小息肉，可能是癌前病變，以後會變成結腸癌。因此，發現結腸息肉時建議儘量切除。