腸鏡有無痛檢查方法，有痛和無痛檢查過程相同。無痛腸鏡檢查需要打麻藥，即鎮靜劑或者止痛藥，有助於患者耐受檢查時的疼痛。通常不建議進行無痛腸鏡檢查，但不做無痛腸鏡檢查的前提是檢查醫生水平足夠高。

腸彎曲多，有遊離段，腸鏡是需儘量將遊離段拉直，可使患者能耐受檢查過程。進行無痛胃鏡檢查時，患者通常進行鎮靜即可，不需要患者睡的深或者用較多止痛藥。