現在腸道菌群檢測是一個比較困難的項目，因為腸道菌群的大多數是厭氧菌，所以可用以下方法檢測：

1、醫院內大便常規檢查，進行大便菌群的初篩；

2、更高級的檢查，即對大便進行基因檢測，可較好檢測腸道菌群，屬於一種較先進的方法；

3、在患者空腸或迴腸末端取到分泌物，去做腸道菌群檢測，此方法較科學，受外界的影響比較少，但有一定困難。