腸道菌群紊亂最常見的表現包括噯氣、腹脹、腹痛、大便稀溏等症狀。另外，還會引起情緒的變化。老年痴呆、自閉症、肝病發生和發展脂肪肝、糖尿病等均與腸道菌群息息相關。所以整體而言，症狀較廣泛。

腸道菌群量並不大，只有180MPN/100ml。但現在認為它是人體的第二大腦，腸道菌群不但引起腸道疾病，還會影響患者情緒。