腸鏡檢查無年齡限制，如病情需要新生兒即可行腸鏡檢查。對於小嬰兒，通常採用較細腸鏡，甚至可使用胃鏡檢查替代，減少腸鏡檢查難度及腸道影響。檢查前需進行充足準備。

目前兒童腸鏡包括無痛腸鏡及普通腸鏡，一般1歲以上兒童建議行無痛腸鏡檢查，以減少不適感；年齡小於1歲嬰幼兒，因心血管系統不穩定，麻醉存在風險，通常建議行普通腸鏡檢查。小齡嬰兒腸鏡檢查前需進行灌腸。