腳底長疣最佳治療方法為物理治療，疣為人乳頭瘤病毒感染引起，目前無特效藥物治療，主要通過物理治療，比如液氮冷凍、二氧化碳激光治療。

如果數目較多，治療較痛苦且治療效果較差或週期較長，也可合用抗病毒藥物，比如肌肉注射干擾素。干擾素並非直接殺死病毒，通過提高局部及全身細胞免疫進行抗病毒。此外，也可口服去角化藥物，如異維A酸膠丸，可減少病毒形成的局部角化、減輕皮損。