臨床上進行腸鏡檢查會通過進鏡、退鏡、牽拉，把腸道全部套到腸鏡的鏡身，在套的過程中，腸道的位置會發生改變。在位置改變的時候，會出現牽拉痛，腸道神經對牽拉痛比較敏感，但這種腹痛相對比較正常。腸鏡也會有一些風險，主要與病人的體質、腸壁厚薄有關。如果腸壁較薄，腸鏡進去氣一衝，可能就發生穿孔了，可能出現腹痛，屬於不正常的腹痛，為急腹症的一種，只要操作者仔細檢查，小心、輕柔的操作腸鏡，一版是不會出現腸穿孔的併發症。

部分病人做腸鏡的時候，角度不太好，特別緊，進鏡和退鏡時鏡身與黏膜會發生比較緊的摩擦，鏡身可能會擦傷黏膜面，出現充血、炎症的表現，也可能會出現短期的腹痛。所以在腸鏡檢查後要進食較軟的食物，避免食用粗糙的食物，有的病人可能需要補充腸道菌群製劑，大多不需要特別處理，腹痛可逐漸緩解。因此，無痛腸鏡後出現的腹痛一般比較輕微，不需要緊張。