干擾素治療疣，首先要根據疣的性質，可以分為外用或系統注射使用，所以需要明確使用方法。如果是一般性的尋常疣，可以不用幹擾素治療，如果尋常疣為單發，可以通過冷凍方式，效果較好且確切，副作用較小，再有蹠疣，包括外用的抗干擾素，也有系統注射的干擾素，從機理上來講，對於部分扁平疣可以外用干擾素，也可以注射干擾素治療。

干擾素治療疣，外用通常無明顯的副作用，但是有時治療效果可能會表現不同。如果是系統注射干擾素，就會有一定的副作用，因為干擾素具有抗病毒、抗腫瘤以及免疫調節的作用，如果是第1次注射，可能會有感冒樣的症狀，包括全身無力、低燒以及痠軟等。如果個人機體是正常健康人群，一般都能夠耐受此種副作用，同時也是一過性症狀，通常在注射第2次時症狀就會消失。