HPV病毒有200個亞型，不同亞型的感染，可以感染不同的部位，引起不同的臨床表現。長於面部主要是1型、2型和4型，叫扁平疣。對於扁平疣的治療，數量小的情況下可以使用物理方法，比如冷凍、激光去除，數量多的情況下必須口服藥物聯合物理治療。長在手上會形成尋常疣，即手上的瘊子。這種尋常疣只能通過物理方法去除，冷凍或者激光。長在腳底叫蹠疣，這種蹠疣的治療，可以通過冷凍、激光和平陽黴素封閉治療。發生於生殖器部位的HPV感染，叫生殖器疣，或者尖銳溼疣，是一種性病。可以口服抗病毒藥物，聯合外用的物理治療，激光、冷凍、光動力治療等。