小腸潰瘍可見於多種疾病，病因比較複雜，除了感染性疾病以外，炎症性腸病、克羅恩病、缺血性疾病、藥物以及淋巴瘤、自身免疫性疾病都可以導致小腸潰瘍，所以需要鑑別病因，再進行治療，治療相對比較困難。小腸潰瘍治療比較複雜，患者應該積極配合醫生進行各項檢查。對於存在明顯症狀，甚至出現併發症的小腸潰瘍患者，需要長期服用特殊的藥物，如5-氨基水楊酸、免疫抑制劑等。

在長期治療過程中，可能需要反覆進行小腸鏡、結腸鏡等檢查，所以要求患者遵從醫囑。患者出現併發症時需要進行手術，比如由於潰瘍造成的梗阻或者穿孔，需要手術治療。對於單發，以及沒有症狀的小腸潰瘍，可能無需特殊藥物治療，間斷複查小腸潰瘍即可，某些小腸潰瘍有自愈傾向。