腸鏡在臨床上現在越來越普及，對於診斷腸道疾病起到很大的作用。腸鏡的檢查主要有診斷和治療用處。如果出現下消化道出血，高度懷疑腫瘤或者血管病變，需要做腸鏡檢查，或者有相關的症狀，腹痛、腹瀉，便秘，大便性狀改變，需要腸鏡檢查或者結直腸手術術後、結腸息肉術後常規復查，或下消化道造影影像學或高度懷疑有病變，不能確定性質，需要做腸鏡檢查。

腸鏡還可以做息肉治療。在臨床上分為普通腸鏡和麻醉腸鏡，叫無痛腸鏡。主要區別為是否在麻醉狀態下的檢查，普通腸鏡病人因為有意識，在觀察的時候不停的打氣，反覆牽拉，病人會有腹痛、腹脹感，有的病人甚至疼痛難忍，最後要終止檢查。無痛腸鏡檢查由於病人是睡眠狀態，這種反應比較輕微，所以大多數病人能夠很順利進行完檢查，而且病人沒有不舒服的感覺，但是麻醉下，病人會出現輕度呼吸抑制、呼吸減弱、心跳減慢、血壓下降，但是一般是一過性，而且通過檢查之後，經過密切觀察，檢查結束之後會迅速地讓病人恢復清醒，一般影響不大。