頭癬屬於淺部真菌病，致病微生物是皮膚癬菌，需採用抗真菌治療且必須通過口服藥物方可達到效果，外用藥物可作為輔助治療而非主要手段。因此其治療方式有別於足癬、手癬等多種可由外用藥物治癒的淺部真菌病，通常頭癬患者可口服灰黃黴素、特比萘芬或伊曲康唑等藥物，即便兒童出現頭癬也可選擇，副作用可控。

頭癬治療療程不會過長且治療期間可進行監測，醫生也會根據致病菌種類選擇合適藥物，治療療程通常在4-8周。部分患者可能服藥1個月後尚未完全治癒，但無需過於擔心，部分可能需8周左右方可達到良好效果。而對於其他外用治療則可作為輔助方法，主要以降低菌載量為目的，患者可選用酮康唑洗劑清洗頭部，同時對周圍環境進行消毒即可。