腋毛癬由纖細棒狀桿菌感染腋毛毛幹引起，雖然稱為癬但其實並非真菌感染引起，而是細菌感染，所以治療主要使用抗菌素殺滅細菌藥物，而且一般只需局部外用抗菌藥即可。常用藥物比如過氧苯甲酰凝膠、克林黴素乳膏、夫西地酸乳膏、紅黴素軟膏，對於引起腋毛癬的纖細棒狀桿菌比較有效，可以有效殺滅纖細棒狀桿菌，從而治癒腋毛癬。

以前用硫磺軟膏、氯黴素搽劑、稀甲醛溶液，有殺菌、止汗作用，也有一定效果。腋毛癬除用抗菌藥物治療外，需要注意局部清潔衛生，避免局部潮溼多汗，保持局部乾爽，腋毛癬才能夠有效被控制，不易復發。