判斷腸套疊時可隨症狀進行判斷，通常患兒表現為陣發性哭鬧，如每間隔15分鐘左右，腸蠕動導致疼痛發作，患兒即出現哭鬧。而腸管不蠕動則患兒一般狀況良好，疾病早期時多數家長容易忽略此症狀，有時可能認為兒童哭鬧為正常現象。

隨病情逐漸進展，腸管發生套疊影響血液循環導致腸缺血後出血，可出現果醬樣大便。因此，如果患兒出現果醬樣大便，需及時到醫院就診，此時病情已處於中晚期。