肛門閉鎖做完手術，如果單純從是否有肛門，是否能夠排便角度來講，肛門閉鎖都能夠治癒，做完手術以後患者都能排大便，能活下來，但是術後仍有很多併發症，比如便秘、大便失禁、直腸黏膜脫垂等。手術預後主要取決於肛門周圍肌肉和直腸發育程度及手術方式選擇，低位肛門閉鎖做完手術後，術後排便、控便能力都比較好，而高位肛門閉鎖上述能力都比較差。

只要是肛門閉鎖診斷明確，手術時機一般選在生後24-48小時之間，如果時間太長，肛門閉鎖會導致梗阻，小兒腸管擴張、腹脹加重，會嚴重影響孩子狀態，甚至導致死亡。低位肛門閉鎖預後良好，而且大部分孩子都為低位肛門閉鎖，所以術後排便、控便能力都很好，長大以後和正常孩子不會有太大區別。

對於中位、高位肛門閉鎖，現在手術能夠解決排便情況，但是控便能力稍弱，經過功能鍛鍊，加強排便習慣養成，患兒情況能有所改善，不會影響孩子正常生長和發育。功能鍛鍊以後，排便、控便能力隨著醫學發展，一定會有更先進辦法，比如現在發展出生理電刺激反饋治療，是近些年來試驗性手段，部分患者會取得良好反應。