先天性無肛門在醫學上稱為先天性肛門閉鎖，治療手段是在確診以後進行立即手術治療。低位肛門閉鎖可以進行一期成形術，而中位、高位肛門閉鎖可以先行腸造瘻術，解決患兒排便問題，三個月後等患兒成長能夠耐受手術，然後再進行根治性手術，手術方式如下：

1、會陰肛門成形術，一般適合於低位肛門閉鎖；

2、後矢狀入路肛門直腸成形術，又稱之為Pena手術；

3、腹腔鏡輔助下骶會陰直腸肛門成形術。

後兩種術式適合於中、高位肛門閉鎖手術，先天性肛門閉鎖手術時機一般選擇在生後24-48小時，如果時間太長，孩子會因為無法排便，腹脹逐漸加重危及生命。因此先天性無肛，其實需要急診手術治療。