先天性肥厚性幽門狹窄手術後會復發，不充分手術後通常會復發，手術後患者常會出現嘔吐，有的患者比手術前吐得輕。若切除過分，會造成手術後瘻引起腹膜炎。所以要求手術醫生掌握火候，降低複發率。

先天性肥厚性幽門狹窄的主要臨床表現是進行性加重噴射性嘔吐，隨著時間推移孩子體重不增，甚至出現消瘦，出現電解質紊亂，即低鉀、低鈉、低氯、低鈣性鹼中毒、抽搐等。

先天性肥厚性幽門狹窄最根本治療辦法是手術治療。因為肥厚性幽門狹窄特點是解剖上幽門肌肉肥厚，但是和十二指腸交界地方突然變薄，像宮頸一樣改變。手術要求技巧，在幽門環肌重型切開過程中，要求切得極到位，不能深，切開到充分，不能過分。