沙眼衣原體尿道炎是由於不潔的性接觸感染引起的，目前根據尿道分泌物的培養，可以明確沙眼衣原體的藥物敏感性，然後再針對性的選擇抗炎的藥物，比如左氧氟沙星片、阿奇黴素片、美滿黴素膠囊、多西環素膠囊，持續的口服治療兩到三週，基本能夠清除尿道中的沙眼衣原體。

同時最好能夠配合口服清熱利溼的中成藥，比如三金片、八正膠囊、熱淋清膠囊，有更好的治療效果。治療期間不要久坐、憋尿，不要吃辛辣、刺激的飲食。由於沙眼衣原體能夠通過性接觸傳播，在沒有完全治癒之前不能發生性行為，每天應該喝水2000mL以上，充分的利尿才能有助於炎症的好轉。