需要根據不同的病因引起的角膜炎而選用不同的滴眼液。細菌性角膜炎，可以選用氧氟沙星滴眼液，或左氧氟沙星滴眼液、妥布黴素滴眼液等。真菌性角膜炎可以滴0.5%的那他黴素滴眼液，或者兩性黴素B滴眼液。

而病毒性角膜炎可以滴用0.1%的阿昔洛韋滴眼液，或者更昔洛韋眼用凝膠，也可以滴用0.1%的環孢素滴眼液。有一些角膜炎可以選用糖皮質激素類滴眼液，例如妥布黴素地塞米松滴眼液、氟米龍滴眼液、百力特滴眼液等。