基質性角膜炎是指角膜基質內瀰漫性炎症的浸潤，非化膿性炎症，它不會引起潰瘍性組織缺損病變，主要是由病原微生物的抗原與血液中的抗體，在角膜基質內發生免疫反應所導致。

基質性角膜炎常見原因有先天性梅毒、結核、風溼、麻風、鉅細胞病毒、萊姆病等。細菌性角膜炎、基質性角膜炎有區別，基質性角膜炎是一種免疫性的疾病；細菌性是外部的原因，外源是細菌感染，是不一樣的。