太田痣的發病有一定的遺傳因素，主要表現為常染色體顯性遺傳的特徵。在胚胎發育期間，黑色素細胞由神經脊向表皮移行的過程中，因為某些未知的原因造成黑素細胞在由真皮向表皮穿越的過程中出現障礙，就停留在真皮，所以形成了太田痣。

雖然太田痣有遺傳性，但並不是單基因的遺傳。並不是父母有孩子就一定。雖然太田痣有一定的遺傳因素，還可能和母親在懷孕期間某些不明原因造成的黑色素細胞在移行過程中出現些障礙有關係。