蹠疣主要是足蹠部，即腳底板長的疣，治療較困難。其它部位疣體都是向外生長的，蹠疣因為患者經常行走、擠壓，一般往內生長。如果用冷凍、激光破壞性治療，很難將其徹底清除。在臨床上主要是通過中藥內服外洗，再結合破壞性治療。
假如通過內服外洗就可以完全消除當然更好，部分情況無法達到完全消除，僅可縮小疣體，可通過冷凍、激光等破壞性的方法徹底治療，也可以用光動力療法。