胃鏡檢查後，部分患者會出現咽喉疼痛，此時無需緊張。患者可以用涼水漱口，或含潤喉的含片，咽喉疼痛在胃鏡檢查後1-2天可自行消失。

部分年輕患者以及長期吸菸或精神過於緊張的患者，在進行胃鏡檢查時，因咽部受到胃鏡異物的刺激，會出現劇烈的噁心、嘔吐，會引起咽喉部一過性水腫，嚴重者會有少量出血。不適症狀在胃鏡檢查後1-2天可自行消失，患者無需緊張。