胃鏡檢查無需擔心對人體的傷害，目前胃鏡檢查雖有一定影響，但胃鏡柔軟度較好、操作靈活、技術也較成熟，所以一般不會對病人產生損害。前提條件是病人配合醫生檢查，檢查時聽從醫生吩咐，不可劇烈反抗，否則會對胃、消化道產生較大的傷害。

另外，部分病人胃鏡檢查後出現不舒服，並非胃鏡檢查有損害，而是胃鏡檢查時需充氣將胃擴張開，才可清楚觀察胃內病變。氣體在胃鏡結束時會吸出來，但部分氣體會排到腸道，導致肚子會出現脹痛、打嗝、肛門排氣增加造成不舒服。