生殖器皰疹由單純皰疹病毒感染引起，單純皰疹病毒可以分為兩個亞型，Ⅰ型和Ⅱ型。一般Ⅰ型單純皰疹病毒主要引起生殖器以外的部位病變，Ⅱ型單純皰疹病毒主要引起生殖器皰疹，屬於性傳播疾病。近年Ⅰ型單純皰疹病毒感染生殖器部位的比例有所增加，所以Ⅰ型也可以引起生殖器部位單純胞疹。

單純皰疹病毒屬於DNA病毒，通過直接或間接接觸方式感染人體，在皮膚表面形成群集性水皰樣損害。一般原發感染後病毒還會潛伏到人體外周感覺神經節內部，如潛伏在骶尾神經節躲避機體免疫系統監視，所以長期潛伏不能被清除。當機體免疫力下降時，比如發燒、感染、熬夜、酗酒、外傷、手術等情況後，患者免疫力下降，皰疹病毒有可能重新激活，從神經節到達皮膚，重新引起皰疹損害，所以生殖器皰疹屬於較難根治、容易復發的病毒性性傳播疾病。