生殖性皰疹由單純皰疹病毒感染引起，單純皰疹病毒分為兩個類型，即Ⅰ型和Ⅱ型。其中Ⅰ型單純皰疹病毒主要指引起生殖器以外的單純皰疹，比如長在嘴唇、口周的單純皰疹；Ⅱ型單純皰疹病毒主要指引起生殖器部位的皰疹。

單純皰疹病毒Ⅱ型感染局部皮膚、黏膜後，先在皮膚表皮細胞裡面繁殖、擴增，引起局部水皰。水皰痊癒後，病毒又可以進入到神經，潛伏在骶神經節內，當機體免疫力下降時，比如勞累、酗酒、熬夜等，潛伏在神經節內的病毒又重新激活複製、擴增，沿著神經軸索重新到達皮膚表面，引起皰疹復發。所以生殖器皰疹難以根治，容易復發。