生殖器皰疹很難徹底治療，生殖器皰疹是由於單純皰疹病毒感染所引起的性傳播疾病。初次感染病毒後，皰疹病毒會潛伏在局部骶神經節中逃避機體免疫系統的監視，當機體免疫力下降時，比如勞累、酗酒後，就有可能引起皰疹病毒復活，所以生殖器皰疹很難徹底治癒，即使有抗病毒藥物，如阿昔洛韋、伐昔洛韋等，可以控制急性期生殖器皰疹症狀，但也有復發的可能。

皰疹與自身機體免疫功能關係很大，只能儘量減少復發的週期頻率，一方面可以用提高機體免疫力的藥物，如轉移因子、胸腺肽、香菇多糖等，另一方面也可以採取大劑量抗病毒藥物，用長期內服的方式減少病毒複製，減少復發。但不能保證停藥後生殖器皰疹不再復發，所以平時加強身體鍛鍊，養成良好的生活作息，對於減少皰疹復發起關鍵作用。