克羅恩病臨床上最難鑑別的就是跟腸結核。克羅恩病發病的部位最常見的就是回盲部、小腸這一段，雖然全腸道都可以發病，但是最常見的還是回盲部和小腸這一段。但是恰恰腸結核也是在這個部位容易發作。

1、腸結核多半在淋巴組織豐富的地方，所以也是在回盲部和小腸容易多發。這個時候就要跟腸結核鑑別。腸結核一般都有肺結核的病史，或者家裡有肺結核的情況，或者肺有病變。腸結核一般結核桿菌試驗是陽性的，病理出現的是乾酪性的肉芽腫，那麼腸克羅恩病是非乾酪性的肉芽腫。從這幾點基本上可以鑑別它是腸結核還是克羅恩病。

2、還要跟白塞氏病鑑別，所謂白塞氏病實際上是腸道血管的病變，也可以出現在回盲部的潰瘍。這種白塞氏病除了腸道的潰瘍，可以出現口腔的反覆潰瘍，甚至可以出現肛門的潰瘍，這也是它的鑑別指徵。

3、還有腸的淋巴瘤也是要跟克羅恩病相鑑別。

4、還有腸道的感染性的疾病，像血吸蟲病或者阿米巴病，還有缺血性腸病這樣的疾病，或者真菌感染、病毒感染的感染性腸道疾病相鑑。