一般進行胃鏡檢查應掛消化內科，因為消化內科醫生通過對患者症狀的諮詢和體格檢查後，能較準確地判斷是否存在胃部疾病。

在體檢科或其它科室，患者亦可以遵循醫囑進行胃鏡檢查。如體檢時發現幽門螺桿菌感染，且患者年齡較大，患者諮詢體檢科的醫生後，可轉到消化內科就診。消化內科醫生會根據患者的情況進行判斷，是否需做胃鏡檢查。