小肚子兩側疼痛還有腰疼，考慮與前列腺炎、輸尿管結石、腎結石這些泌尿系統疾病，以及盆腔炎、子宮內膜炎、附件炎、子宮肌瘤等婦科疾病有關。需及時到醫院就診，可通過B超、血常規等檢查明確診斷。

一、泌尿系統疾病：

1、前列腺炎：具體的發病機制尚不明確，可能與病原體感染有關。如果患者是急性細菌性前列腺炎，通常會出現發熱、乏力、噁心、嘔吐等症狀，而且局部的恥骨以及會陰以上區域會有重壓感，並且會持續向腰部、下腹部、背部等延伸；

2、輸尿管結石：輸尿管結石可能是因為尿路感染、代謝異常、梗阻等原因導致，通常會出現腰部疼痛的現象。如果在活動的過程中結石卡在輸尿管狹窄的部位，疼痛就會向腰腹部兩邊放射；

3、腎結石：可能是因機體代謝性改變導致，還有可能是因為尿路感染或尿路梗阻等原因導致。由於腎臟處於腰部位置，所以主要的臨床表現就是腰腹部疼痛。如果兩側的腎都出現了結石， 因為小肚子兩側靠近腰部位置，比較小的結石容易在腎內活動，所以可能出現兩側都疼痛，還有腰疼的情況。

二、婦科疾病：

1、盆腔炎：主要是因為多種微生物感染引起，主要的臨床表現就是下腹部疼痛。隨著病情的發展，可能會牽扯到腰部引起腰疼；

2、子宮內膜炎：多因多種微生物混合感染子宮內膜引起，常見的症狀就是下腹部疼痛、白帶增多、腰痠等。隨著病情的發展，可能會延伸到小肚子兩側以及腰部；

3、附件炎：是輸卵管、卵巢的感染性疾病，常見的引起附件炎的病原體有沙眼衣原體、淋病奈瑟菌、大腸埃希菌等。附件炎典型的症狀是下腹部疼痛、陰道分泌物增多、腰骶部痠痛等，如果兩側的附件都發生了炎症，就會表現出兩側的小肚子疼痛、腰疼的症狀；

4、子宮肌瘤：發病機制尚不明確，可能與性激素水平變化、遺傳易感性等有關，通常會伴隨下腹部不適的症狀發生，常見的臨床表現有下腹部疼痛、腰痠背痛、下腹部墜脹等。

此外，可能與卵巢囊腫有關，多因為機體內分泌失調導致，也可能與飲食、環境等因素有關。卵巢囊腫的臨床症狀主要是一側下腹部隱隱作痛、腰骶部痠痛，如果囊腫發生在兩側的卵巢，就會出現兩側腹部隱隱作痛的情況。