甲狀腺腺瘤主要是進行手術治療。由於甲狀腺腺瘤有20%的機會可以引起甲亢症狀，有10%的機會可以出現惡變可能，所以，臨床上發現甲狀腺腺瘤，並且在甲狀腺超聲檢查之後，初步確認為甲狀腺腺瘤，應該早期進行包括腺瘤在內的患側甲狀腺大部分切除。

如果甲狀腺腺瘤比較小，也可以進行患側甲狀腺的部分切除，切除標本應該立即送病理科做冰凍切片檢查，早期判斷有沒有惡變發生。如果甲狀腺腺瘤在冰凍病理檢查之後沒有發現惡變的情況，只需要定期複查即可。如果冰凍切片彙報有惡變，需要按照甲狀腺癌進行手術，可以做患側甲狀腺連同甲狀腺頰部的全部切除，對側甲狀腺大部分切除。如果有頸部淋巴結轉移，還可以做頸部淋巴結的清掃手術。