肝硬化門靜脈血栓可以通過一定的手段進行治療，對於新近發生的血栓，可以通過早期的靜脈肝素抗凝治療，使得大量的患者血栓再通，口服抗凝藥物要維持比較長的時間。早期的門靜脈血栓也可以採用介入方式後置管，使用微量泵持續泵入尿激酶，從而進行早期的溶栓，使得門靜脈再通。

對於血栓形成時間比較長的，可以嘗試使用TIPS手術進行治療，術後應當避免血栓的再次形成。實際上肝硬化病人體內高凝，還是比較容易形成血栓的，具體的治療應當在當地醫生的指導下進行。