囊腫在眼睛任何部位都可以長，不同地方的囊腫，處理辦法不相同。眼瞼的囊腫如果較大，影響美觀，可以考慮切除。淋巴管阻塞可以引起結膜囊囊腫，當囊腫較小時可以暫時不處理；如果囊腫較大，眼睛有不適感，可以適當切除囊腫。

處理起來較簡單，去除囊腫後將球結膜縫起來即可。因為球結膜較鬆弛，切除囊腫後還可以縫起。眼睛其它部位囊腫，如角膜的囊腫不多見，如果有囊腫也可以考慮適當切除。