肝母細胞瘤現在強調多學科協作的綜合治療方案，首先需要外科醫生和腫瘤內科醫生緊密配合，評估患者的情況是否適合切除以及切除的時間。原則上如果瘤體比較侷限，分期為Ⅰ期，可以直接手術，也可根據情況先做化療。如果分期較晚或者侵犯周圍重要的血管、瘤栓，直接手術風險較高，容易造成重大損傷，如造成血管、膽道損傷，此時可以先化療再手術。化療前建議先拿到病理，畢竟經驗再多的醫生也存在誤診的可能性，故先拿到病理再化療相對比較可靠。

少數情況需要進行介入治療，即將導絲通過腹股溝進入血管進行動脈栓塞、化療。因為腫瘤動脈供血較多，可以局部處理，尤其對腫瘤破裂出血或穿刺造成的出血，介入治療意義較大。如果已經到達Ⅳ期，腫瘤已經非常廣泛，失去手術時機、無遠處轉移，只是肝臟廣泛轉移，也可考慮肝移植手術。

肝母細胞瘤初診的兒童，一般經過全面評估，有手術指徵的先手術，儘量切除乾淨再化療。按照不同危險度給予分組治療，定期評估療效，必要時調整方案。只有極低危組肝母細胞瘤患兒無需化療，密切隨訪即可，其它均需再化療。

總之，肝母細胞瘤採取以手術、化療為主的綜合治療，有時也可採用介入治療、肝移植、射頻消融、海扶刀等治療手段。