肝母細胞瘤實際上屬於罕見病，佔小兒肝臟腫瘤的絕大部分，發病率大約1.2-1.5/100萬，男孩稍多。本病具體原因尚不清楚，主要與以下因素有關：

1、流行病學調查顯示，肝母細胞瘤的發生與部分遺傳疾病有一定關係，如貝威二氏綜合徵或家族性腺瘤性結腸息肉，表現為一側肢體肥大，此類患者肝母細胞瘤的發病率較高；

2、該病與環境因素，如父母吸菸、飲酒可能有一定關係；

3、與兒童先天發育有關，低出生體重、早產兒以及未成熟兒，肝母細胞瘤發病率較高。

但肝母細胞瘤本身不屬於遺傳病，主要是胚胎髮育過程中某些因素導致細胞分化異常所致。