腸易激綜合徵病因複雜，並且病情反覆發作，需要根據不同的個體，通常採用綜合治療才能有效治癒。臨床上表現為腹痛、腹部不適、排便習慣改變以及大便性狀的改變，經常與胃腸道其他功能性疾病如胃食管反流性疾病和功能性消化不良同時存在：

1、一般治療：飲食選用易消化、少脂肪的食物，禁食辛辣刺激性或易敏感的食品。對於便秘、腹脹者，多吃富含纖維素，不易脹氣的食物。同時不要暴飲暴食，不能吃零食。以腹瀉為主的患者，應少吃含粗纖維的食品，如玉米、芹菜等，多吃富含維生素與蛋白質的新鮮水果和蔬菜，如獼猴桃、橙子等；

2、心理治療：腸易激綜合徵的出現或加重與精神因素有一定關係。患者臨床常表現出焦慮不安、抑鬱等障礙，解除病人許多疑慮的心態，消除恐懼，提高戰勝疾病的信心，對治療疾病有很大幫助；

3、藥物治療：抗抑鬱與焦慮的藥物在一定程度上也能改善患者精神狀態，同時可調節胃腸道功能，緩解胃腸症狀。但前提是應在醫生的指導下用藥，如帕羅西汀、阿米替林等抗抑鬱和抗焦慮藥物，能有效阻隔腸易激綜合徵軀體症狀與心理障礙之間的惡性循環。遵醫囑可以用山莨菪鹼、貝那替秦、洛哌丁胺、益生菌製劑等藥物抑制致病菌繁殖生長，糾正腸道菌群失調，恢復和維持腸內微生物生態系統穩定，從而治療腹瀉；用西沙必利、乳果糖等藥物增加胃腸推動力，促進排便，但有過敏者應慎用，從而治療便秘；用激素和肽相關治療來加強收縮腸運動；另外還可以用口服蒙脫石散、注射用醋酸亮丙瑞林來防止腸上皮細胞損傷，吸收腸內氣體，降低腸道敏感性。