對於可疑卵巢惡性間皮瘤患者，若無手術禁忌症，應儘可能選擇手術探查。目前對於卵巢惡性間皮瘤治療首選方案為腫瘤細胞檢驗術，同時加用腹腔熱灌注化療。

手術治療存在兩個目的，即明確診斷以及儘可能切除腫瘤。切除腫瘤可控制腹水，緩解症狀的同時減輕瘤負荷，對後期化療可起到加強治療作用。侷限性腹膜惡性間皮瘤手術切除效果相對較好，但瀰漫性病灶可能手術難以完全切除，只能起到活檢以及部分切除作用。