腰椎管腫瘤手術的後遺症通常和腰椎管腫瘤來源有關。腰椎管腫瘤分為硬膜外腫瘤、硬膜內髓外腫瘤和髓內腫瘤。硬膜外腫瘤或硬膜內髓外腫瘤和脊髓的關係相對較清楚，手術對脊髓和神經幹擾較小，併發症相對較少。

如為髓內腫瘤，和神經關係非常密切，在切除腫瘤時可能對神經造成騷擾，引起大小便功能障礙、骶尾部麻木、皮膚感覺喪失。