與絕大多數兒童期癌症一樣，橫紋肌肉瘤的病因學和危險因素尚不明確，因此沒有非常可靠的預防措施。流行病學研究顯示，以下因素和橫紋肌肉瘤發病率較高有一定關係：

1、宮內有過輻射暴露；

2、家庭經濟地位較低，比較貧窮；

3、出生後很快使用抗生素；

4、妊娠期間使用過消遣性的藥物等；

5、出生缺陷、早產可能和橫紋肌肉瘤的風險增加有關；

6、部分遺傳綜合徵也和橫紋肌肉瘤相關，大多數橫紋肌肉瘤為散發病例，沒有任何規律，但7%-8%是由遺傳綜合徵相關的癌症易感基因突變致病。